实验室赵金存教授团队与深圳华大生命科学研究院等单位合作，发现新冠肺炎（COVID-19）病人呼吸道微生物群体动态变化特征，解析疾病的严重程度与呼吸道微生物群落紊乱具有明显的相关性，该发现为新冠重症患者治疗提供了重要理论指导。相关论文“Characterization of respiratory microbial dysbiosis in hospitalized COVID-19 patients”于2021年4月13日在线发表在专业期刊《Cell Discovery》杂志。

本研究采集了COVID-19轻症、重症病人连续时间点、多种类型样品，主要包括：鼻咽拭子、痰液、粪便、肛拭子等，利用转录组测序进行临床样品微生物组深度测序，比较分析不同病人病毒、细菌等微生物群落变化特征。研究发现新冠重症患者共感染病毒种类主要有疱疹病毒 human alphaherpesvirus 1, 鼻病毒 rhinovirus B和呼吸道合胞体病毒human orthopneumovirus等；另外重症患者共感染主要微生物包括：洋葱伯克霍尔德菌Burkholderia cepacia complex (BCC), 葡萄球菌Staphylococcus epidermidis, 支原体Mycoplasma spp (M. hominis and M. orale)等，临床检验也证实了相关共感染病原的存在。与轻症患者呼吸道样品微生物群落比较发现，危重症患者呼吸道微生物群落多样性发生明显紊乱，其中一例危重症病例临床样品中发现洋葱伯克霍尔德菌B. cenocepacia二次感染及相关毒力基因的表达可能与后期疾病的加重有关。