实验室通过学术委员会主任领导的学术委员会决策实验室的重大科研事务。学术委员会受广州医科大学的委托，是实验室的学术指导与评审机构；设主任1名；委员由国内呼吸系统疾病领域及其相关领域的知名同行科学家组成，每届任期五年。实验室于2017年进行了第二届学术委员会换届，目前共15名委员。
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学术委员会主任 黎孟枫
中山大学基础医学院
研究方向：病毒学
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陈荣昌
广州呼吸健康研究院
研究方向：呼吸病学
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樊代明
中山大学基础医学院肿瘤生物学国家重点实验室主任
研究方向：消化
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胡志斌
南京医科大学公卫学院
研究方向：公共卫生、肿瘤
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刘良
中药质量研究国家重点实验室主任
研究方向：中医药
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刘奕志
中山大学国家眼科重点实验室
研究方向：眼科学
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裴端卿
中科院广州生物医药与健康研究院
研究方向：干细胞学
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冉丕鑫
广州医科大学
研究方向：呼吸病学
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沈华浩
浙江大学医学院
研究方向：呼吸病学
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王小宁
华南理工大学生命科学研究院
研究方向：免疫学
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曾耀英
中山大学基础医学院
研究方向：免疫学
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张海波
加拿大多伦多大学
研究方向：危重症学
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张立新
华东理工大学
研究方向：微生物学
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郑劲平
广州呼吸健康研究院
研究方向：呼吸病学
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钟南山
广州呼吸健康研究院
研究方向：呼吸病学
