科研进展

实验室赵金存教授团队在住院患儿中发现冠状病毒OC43新基因型

2021-12-25116

呼吸疾病国家重点实验室赵金存教授团队与周荣研究员团队、广州海关技术中心等单位合作,在中国肺炎住院患儿中发现冠状病毒OC43的两个新基因型,提示应当加强对包括低致病性冠状病毒在内的人呼吸系统病毒进行常规检测,防止新基因型病毒造成区域流行。相关论文“Two novel human coronavirus OC43 genotypes circulating in hospitalized children with pneumonia in China”于2021年12月发表在《Emerging Microbes & Infections》杂志上。

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新冠肺炎疫情的出现引起了公众对冠状病毒的重视。目前已经发现7种感染人的冠状病毒,包括SARS-CoV、MERS-CoV和SARS-CoV-2三种高致病性冠状病毒以及HCoV-OC43、HCoV-229E、HCoV-NL63和HCoV-HKU1四种低致病性冠状病毒,其中HCoV-OC43是儿童呼吸道感染中最常见的冠状病毒,也被认为与致死性脑炎相关。

本研究纳入了43例咽拭子HCoV-OC43 qPCR诊断为阳性的儿童,大多数入组儿童被临床诊断为肺炎、小叶性肺炎以及急性支气管炎。入组儿童年龄范围为1.6月至8岁。同时也对入组儿童的咽拭子标本检测了其他呼吸道病原,43例入组儿童中,60.5%只感染HCoV-OC43,其余39.5%存在合并感染。通过高通量测序获取了43例儿童感染的HCoV-OC43毒株的全基因组序列,对43株HCoV-OC43毒株的全基因组序列与NCBI数据库中序列进行进化分析,结果显示,新获取到的毒株序列形成了两个新的基因型。根据HCoV-OC43之前的命名规则,新的基因型命名为Genotype J 和Genotype K。Genotype J 和Genotype K在进化树上分别位于相对独立的位置,证明两者的进化路线不一致。对目前已获取的HCoV-OC43全基因组序列进行时间进化分析,结果显示两个新基因型的共同祖先可能出现在2014年-2016年。同时发现 Genotype J来源于Genotype H 和I的重组,而Genotype K则是来自Genotype I的进化。

HCoV-OC43在全球范围内属于地方性流行,与普通感冒症状相关,但也会在免疫缺陷患者以及婴幼儿造成重症感染。目前对于低致病性冠状病毒的基因多样性和进化的研究比较少,对于低致病性冠状病毒也没有疫苗或者特异性的治疗方法。在肺炎患儿中两个新HCoV-OC43新基因型的发现,提示我们应当加强包括低致病性冠状病毒在内的人呼吸系统致病性病毒的监测。

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广州医科大学附属第一医院呼吸疾病国家重点实验室赵金存教授、王延群副教授、周荣研究员,广州海关技术中心师永霞博士为论文的共同通讯作者。广州医科大学附属第一医院呼吸疾病国家重点实验室张昭勇博士、刘文宽副研究员、张胜男博士、韦佩兰硕士和广州海关技术中心张璐博士为论文的共同第一作者。本课题工作受到了中华人民共和国海关总署科技项目、国家重点研发计划、国家自然科学基金项目、广东省科技厅项目、粤港澳传染病联合实验室项目和呼吸疾病国家重点实验室项目等项目的支持。