职称：

教授

研究方向：

慢性气道疾病

研究工作：

主要利用生物信息学方法通过系统深入挖掘多组学大数据（单细胞转录组、单细胞表观组、DNA/组蛋白修饰组和染色体3D组等），探索重大疾病的发生机制，并以此为基础开发新型基于表观分子标记的液体活检技术，用以早期检测重大呼吸疾病的发生、监测病情发展和评估治疗效果。

科研项目：

1、已建立了包含超过510万个人肺组织单细胞数据的单细胞转录组数据分析服务器（webserver），其可以实现个性化的大规模scRNA-seq数据的整合分析。

2、通过生物信息分析确定了新的早期肺纤维化的靶点，并结合PET/CT呈像，小鼠和猴子模型确定了其可以体内指示早期成纤维细胞的激活。同时，在大数据分析的指导下，发现这个靶点同样可以在AD小鼠模型的脑中指示神经纤维化的发生。

3、构建了人不同呼吸道位置的纤毛细胞单细胞转录组图谱，发现了位置特异和疾病特异的转录特征，并鉴定得到了针对慢阻肺纤毛的潜在干预靶点。

4、主持一项国家自然科学基金委面上项目：Tet2介导造血干细胞衰老相关异染色质定位异常在骨髓增生异常综合征（MDS）中的作用机制研究。

代表性学术论文：

1、Hong T, Li J, et al. TET2 modulates spatial relocalization of heterochromatin in aged hematopoietic stem and progenitor cells. Nature Aging. 2023 Oct 26:1-4.（共一/共通讯）

2、Yang P, Luo Q, Wang X, Fang Q, Fu Z, Li J, et al. Comprehensive analysis of fibroblast activation protein expression in interstitial lung diseases. American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 2023 Jan 15;207(2):160-72.（共一）

3、Li J, Hong T, et al. Aberrant DNA hydroxymethylation reshapes transcription factor binding in myeloid neoplasms. Clinical epigenetics. 2022 Dec;14(1):1-4. （第一作者）

4、Zhao S, Li J, Zhang H, et al. Epigenetic alterations of repeated relapses in patient-matched childhood ependymomas. Nature communications. 2022 Nov 5;13(1):6689. （共一）

5、Fang S, Cui D, …, Li J, Huang Y. Ten-Eleven Translocation Ablation Impairs Cardiac Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells. Stem Cells. 2022 Mar 1;40(3):260-72. （共同通讯）

6、Chen YS, Li J, et al. Dietary spinach reshapes the gut microbiome in an Apc-mutant genetic background: mechanistic insights from integrated multi-omics. Gut Microbes. 2021 Jan 1;13(1):1972756. （共一）

7、Yin Y, Li J, Li J, et al. LiBis: an ultrasensitive alignment augmentation for low-input bisulfite sequencing. Briefings in bioinformatics. 2021 Jul;22(4):bbaa332. （共一）

8、 Li J, Zhao S, Lee M, et al. Reliable tumor detection by whole-genome methylation sequencing of cell-free DNA in cerebrospinal fluid of pediatric medulloblastoma. Science advances. 2020 Oct 16;6(42):eabb5427. （第一作者）

9、Guo L, Li J, et al. A combination strategy targeting enhancer plasticity exerts synergistic lethality against BETi-resistant leukemia cells. Nature communications. 2020 Feb 6;11(1):740. （共一） 10、Li J, Yin Y, Zhang M, et al. GsmPlot: a web server to visualize epigenome data in NCBI. BMC bioinformatics. 2020 Dec;21:1-7. （第一作者）

联系方式：

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